Чтобы удалить скрипт, отметьте его в дереве скриптов и нажмите кнопку "Удалить" (F8). После подтверждения скрипт будет удалён, перезапуск сервера не требуется.
Будьте внимательны! Восстановить случайно удалённый скрипт нельзя. Можно только воспользоваться резервной копией базы данных.